日本公司需要公证的文件包括但不限于以下内容：

营业执照：证明公司的存在和合法经营资格。

公司章程：详细描述公司的组织结构、管理机制、财务报告等内容。

法人代表证明文件：证明公司的法人代表是谁，以及其代表资格是否合法。

公司股东名单：列出公司的股东，以及他们持有的股份数量。

合同和协议：公证公司与他方签署的合同和协议，证明双方的权利和义务。

财务报告：证明公司的财务状况，包括收入、支出、利润等数据。

税务证明：证明公司已按照法律规定纳税。

请注意，上述文件列举的只是典型的公司文件，实际需要公证的文件可能因公司情况而异。因此，请在办理公证前仔细了解有关规定，确保您提交的文件是完整和正确的。

日本公司文件公证的流程如下：

准备文件：根据需要公证的文件类型，整理并准备好相关文件。

选择公证机构：选择合适的公证机构，并向其询问具体的公证流程和费用。

填写申请表：根据公证机构的要求，填写申请表，并附上相关文件的复印件。

支付费用：根据公证机构的要求，支付相关的公证费用。

等待公证结果：等待公证机构审核和公证文件。公证时间可能因公证机构而异，请耐心等待。

领取公证书：如果公证通过，请按照公证机构的要求领取公证书，并妥善保管。

请注意，以上流程仅是一般情况下的公证流程，实际流程可能因公证机构而异。因此，请在办理公证前仔细了解有关规定，以确保您能够顺利完成公证程序。

日本公司文件公证及领事认证需要经过日本公证员公证，再去日本外务省进行认证，最后经中国驻日本大使馆进行领事认证。如果你没有时间亲自办理，我们日本办事处全流程服务，是不错的选择。